Philippe Baptiste, ministre de l’enseignement supérieur et de la recherche, à l’Assemblée nationale, à Paris, le 29 avril 2026. ANNE-CHRISTINE POUJOULAT/AFP

En pleines discussions sur le projet de loi de finances 2026, la phrase avait fait bondir le monde universitaire, qui alerte sur l’insuffisance de ses financements publics. « La situation budgétaire des établissements, ce n’est pas Zola, non plus ! », avait lancé le ministre de l’enseignement supérieur et de la recherche, Philippe Baptiste, lors d’une audition au Sénat, le 29 octobre 2025. Admettant que « certains établissements sont en difficulté » financière, il relativisait les tensions en pointant le niveau de la trésorerie des universités : 5,6 milliards d’euros dont, affirmait le ministre, « plus d’un milliard d’euros libres d’emploi, répartis sur 70 établissements, montant qui croît d’année en année ».

Six mois plus tard, la Cour des comptes a publié, jeudi 29 avril, un éclairage très différent au débat, alors que s’achèvent les assises du financement des universités, lancées en mars. Les magistrats financiers ont mené un audit sur 63 universités ainsi que huit établissements publics de recherche, comme le Centre national de la recherche scientifique. Il ressort de leur enquête que si les trésoreries des universités ont bien augmenté depuis 2020, la part de ces fonds « libres d’emploi » – et donc mobilisable pour faire face à l’accroissement des contraintes budgétaires – est loin du milliard d’euros évoqué en octobre par le ministre. Elle est en réalité très marginale, en plus d’être en nette baisse.

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